En Irlanda, Peter intenta dejar atrás el pasado, pero descubre que una misteriosa mujer, Elle, está dispuesta a matar con tal de encontrarle.Matt, junto a un inesperado aliado, baja a Filadelfia para cazar al 'hombre del saco' como respuesta a su ataque a Molly, pero pronto se ven fuera de lugar.Monica intenta aceptar su situación con sus nuevas habilidades y su papel como heroína local.Suresh se reune con su nuevo compañero, y se le ordena una nueva e inquietante misión.H.R.G. va un paso más allá para proteger a su familia.Mientras que Hiro sigue intentando arreglar el pasado en el Jepón feudal, Ando intenta reconstruir pieza a pieza e históricamente lo que le ha pasado a su mejor amigo.
West convence a Claire para que dé una lección a Debbie, la jefa de animadoras, después de que ella considere a Claire demasiado corriente para unirse a su grupo. Mientras Suresh se enfrenta a un grave dilema moral con La Compañía, H.R.G. visita a su mentor en Rusia en un intento de localizar las últimas pinturas premonitorias de Isaac. Entre tanto, cerca de la frontera estadounidense, Alejandro está cada vez más preocupado por las intenciones de Sylar especialmente respecto a Maya. La búsqueda de Peter y Caitlin de una misteriosa puerta que Peter ha dibujado recientemente, los lleva finalmente a un sorprendente lugar. En el Japón feudal, mientras intenta corregir la Historia, Hiro lucha contra sus sentimientos hacia la princesa Yaeko.
Cuando una de sus olvidadas habilidades se manifiesta de repente, Peter y Caitlin se ven arrastrados a una situación de crisis y aprenden de primera mano lo mortal que puede resultar el misterioso virus que ataca a las personas con poderes. Suresh, Matt, Nathan, Niki y Bob se aunan para repeler el ataque del "hombre-pesadilla".A pesar de los enormes esfuerzos de Claire por mantenerlos separados, West descubre que quien lo raptó cuando era un niño es el padre de Claire. Mientras tanto, en el Japón feudal, el legendario viaje de Hiro y Kensei toma un dramático y decisivo desenlace.
Cuando el reloj vuelve 4 meses atrás para todos los Héroes, Nathan paga un terrible precio por sus heroicas acciones. Aunque Peter sobrevive a su explosión sobre la ciudad de Nueva York, La Compañía lo considera una amenaza para el mundo, lo que finalmente lleva a una violenta confrontación con Elle y el Haitiano. DL sacrifica su vida por Niki y Micah. Maya manifiesta sus oscuros poderes por primera vez de manera tan horrible que la lleva a dirigirse a America con su hermano, en busca de ayuda. Se presenta una misteriosa, aunque familiar, nueva cara.
Tras el descubrimiento de la muerte de un 'héroe', Matt intenta conseguir una ayuda inesperada mientras los ataques a gente con habilidades extraordinarias continúan.Los esfuerzos de Claire por esconder sus habilidades de regeneración en su nuevo instituto se ven echados por tierra por uno de sus compañeros, que también parece tener sus propio secreto.Niki y Micah dejan Las Vegas en un intento de volver a empezar con su vida.Mohinder Suresh, como primera orden en su nuevo trabajo, tiene que encontrar al Haitiano.Mientras cruzan México, se confirma que los poderes de Maya y Alejandro son una amenaza para todos los que les rodean.Por su parte, Hiro, decepcionado tras conocer a su héroe Kensei, decide deshacer cualquier cambio que su presencia en el Japón Feudal haya podido hacer a la historia.Y finalmente, otro héroe perdido se une a una banda de gansters irlandeses que tienen información sobre su pasado.
De vuelta en Nueva York, Mohinder se pone muy nervioso cuando encuentra una hasta ahora desconocida pintura de Isaac Mendez, que predice la muerte de alguien muy cercano a él. Por su parte, Claire y H.R.G. siguen cada uno con sus planes secretos. Decididos a llegar a Estados Unidos, Maya usa sus mortales habilidades para liberar a Alejandro de una cárcel en México. Mientras tanto, en el Japón feudal, justo cuando Hiro consigue perdonar a Kensei, su héroe de la infancia le sorprende. Niki y un héroe hasta ahora perdido, cada uno por su cuenta, se ven involucrados en asuntos bastante turbios para conseguir sus objetivos. Dos personajes familiares con poderes regresan inesperadamente.
Mientras trabaja en un local de cómida rápida, Monica Dawson comienza a descubrir sus nuevas habilidades, desconocidas para su hermano Damon, su abuela Nana y su primo Micah.Angela Petrelli, por su parte, hace una sorprendende confesión cuando se revela más información sobre la generación anterior de Heroes.Con el 'hombre del saco' de Molly convirtiendo los sueños de la pequeña en auténticas pesadillas, Matt le pide que deje sus miedos atrás y le localice en el mapa, cosa que acaba con terribles resultados.H.R.G., sospechando que Claire tiene un nuevo novio, teme por lo que pueda pasar en el futuro.Y finalmente, cuando Maya y Alejandro ya están llegando a Estados Unidos, se encuentran en su camino con una sorpresa bastante inesperada.
Cuando está todo preparado para convertirse en un miembro del Congreso, Nathan considera el coste que traerá a sus seres queridos, con el consejo de su madre y la profecía de Linderman. Mientras se prepara para enfrentarse a muerte con Sylar, Hiro recibe novedades de su linaje por parte de su padre. Varios "héroes" llegan a New Yourk City, mientras que Peter y Ted intentan abandonarla antes de la ya inevitable explosión. HRG y Matt descubren la sorprendente verdad que hay detrás del sistema de seguimiento usado con personas con habilidades especiales. 
Matt Parkman y Ted Sprague vuelan a Texas para su búsqueda de respuestas y toman como rehenes al hombre de las gafas de pasta y a su familia. Se revelan nuevos datos sobre el Sr.Bennet, sobre la agencia para la que trabaja y sobre cómo encontró a Claire. 
Después de "ayudar" a Suresh a buscar a más gente con habilidades especiales, Sylar se enfrenta a dos 'heroes'. Nathan deberá aplicar lo que ha aprendido de Linderman en varias decisiones difíciles que darán forma a su futuro, al de su familia, a la ciudad de Nueva York y al mundo entero. Mientras Thompson usa cada herramienta que tiene para encontrar a Claire, Linderman recluta a Jessica para sus planes a largo plazo. Por su parte, la determinación de Hiro por salvar al mundo se ve fortalecida por una triste realidad.
Hiro lucha por hacer entender a su padre, un magnate importante, y a su ambiciosa hermana su nuevo destino heróico. Niki tiene una nueva oportunidad de estar con DL y Micah de nuevo, ¿pero se quedará con ellos? Claude intenta enseñar a Peter a aprovechar sus poderes, pero el proceso podría echar por tierra la confianza de Peter en sus personas más allegadas. Convencida de querer encontrar a su madre biológica, Claire llega a un camping de caravanas en Texas. Mientras tanto, Sylar da un giro inesperado contra HRG... y su familia.
Cuando se descubre la escandalosa verdad sobre quién es el padre biológico de Claire, su madre adoptiva se enfrentará a una crisis. Matt consigue un trabajo como guardaespaldas de un abogado deshonesto, lo que le pone en el punto de mira del nuevo asesino a las órdenes de Linderman. Hiro y Ando vuelven a Las Vegas a encontrar la espada, pero su misión se ve interrumpida por una damisela en apuros. Suresh encuentra en la lista, y sin saberlo, él mismo se pone en peligro. Mientras tanto, Simone recurre a una inesperada ayuda en su lucha y la de Nathan por encontrar a Peter. 
La historia de este capítulo tiene lugar seis meses antes de los sucesos actuales. El padre de Mohinder, Chandra Suresh, llega a Nueva York para comenzar su búsqueda de los individuos con habilidades extraordinarias, y conoce a alguien muy deseoso de ser especial. Peter celebra su graduación de la Escuela de Enfermeros, y descubre que Nathan seguirá adelante con un caso que podría significar problemas para toda la familia Petrelli. Una visita sorpresa de su padre saca lo peor en Niki. Hiro intenta ser un héroe y cambiar el futuro para algo importante. Claire se une al equipo de animadoras y hace un curioso descubrimiento. Por su parte, el hombre de las gafas de pasta y el haitiano se encuentran con alguien especial.
